В соответствии с данными целями основной задачей ЦТФТ является создание, развитие и внедрение широкого круга конкурентоспособных инновационных технологий и приложений к данным технологиям в различных сферах фармацевтической деятельности, таких как:
- синтез инновационных молекул с определённым профилем мишень-специфической активности;
- проведение биологических исследований;
- проведение доклинических исследований;
- разработка методов получения активных фармацевтических субстанций;
- разработка производственных технологий активных фармацевтических субстанций;
- разработка технологий получения готовых лекарственных форм;
- контроль качества разрабатываемых технологий и продукции фармацевтической промышленности;
- разработка технической документации на создаваемые технологии;
- организация локализованных производств фарминдустрии;
- подготовка кадров для российских компаний-производителей и исследовательских центров (вопросы, связанные с образовательной инфраструктурой ЦТФТ отражены в разделе